El Comité Coordinador del SEAJAL es el responsable de establecer los mecanismos de coordinación entre los integrantes del Sistema Estatal y éste con el Sistema Nacional, teniendo como encargo el diseño, promoción, implementación y evaluación de políticas públicas de combate a la corrupción.
Este comité se integra por el Presidente del Comité de Participación Social, los titulares de la Auditoría Superior del Estado de Jalisco; la Fiscalía Especializada de Combate a la Corrupción; la Contraloría del Estado; un representante del Consejo de la Judicatura Estatal; y los presidentes del Instituto Transparencia, Información Pública y Protección de Datos Personales del Estado de Jalisco, y del Tribunal de Justicia Administrativa del Estado de Jalisco.